1、避免柱壓過高：盡管安捷倫液相色譜柱可以承受6000PSI的壓力，但過高和過大的壓力變化將縮短色譜柱的壽命。避免的方法是：當柱壓力過高時，盡量使用較小的流速，不超過允許柱壓力的一半。當流速較大時，應采用流速梯度法使流速逐步到位。
2、使用手動噴油閥時，噴油閥的切換應盡可能快。否則，超過20%的壓力沖擊將很快使色譜柱報廢。使用多列組合時，應避免在高壓下切換列。
3、當流動相含有緩沖鹽時，需要過濾。當緩沖溶液放置一段時間(取決于環(huán)境溫度，夏季通常不超過48小時，冬季不超過一周)時，也應在使用前重新過濾。
4、過濾流動相和樣品：流動相通常與水或緩沖溶液和有機溶劑混合。所有通過色譜柱的流動相均應過濾，但實際操作應根據具體情況而有所不同：當有機溶劑使用色譜純度，水使用石英亞沸水或其他超純水時，如果可以確保水和有機溶劑的質量而不造成污染，那么過濾就沒有更大的實際意義。
5、需要安裝保護柱：保護柱的功能是過濾掉流動相和樣品中的化學雜質，同時也可以有效去除流動相和樣品中的不溶物。雖然目前的色譜儀在流動相吸入口、進樣閥后部和色譜柱兩端μM處配備了1和2以及其他孔徑不同的過濾器，但該過濾器只能去除不溶性顆粒，不能去除化學污染，因此有必要安裝保護柱，特別是在分析復雜混合物和生物樣品時，如中藥和中成藥。
